Pada tahun 1967, Israel mengalahkan negara-negara Arab dalam pertelingkahan yang dikenali sebagai Perang Enam Hari (Six-Day War). Akibat peperangan tersebut, Israel berjaya menawan dua bahagian Palestin yang bersejarah: Tebing Barat dan Semenanjung Gaza. Ekoran kekalahan Arab, serpihan militan Fatah berjaya mengambil alih PLO. Pada tahun 1969 Arafat dilantik menjadi pengerusi majlis eksekutif PLO.

Kerjaya Arafat pada awal tahun sebagai ketua PLO dipenuhi dengan keganasan, bermula pada “September Hitam” tahun 1970, apabila Raja Hussein dari Jordan, yang pada masa itu tidak bersefahaman dengan PLO, memerintahkan tenteranya untuk bertindak ke atas gerila Palestin yang berada di kawasan sempadan antara Jordan dengan Israel. Lebih mengejutkan lagi adalah pembunuhan 11 orang atlet Israel sewaktu Sukan Olimpik Munich pada 1972 oleh pengganas Palestin (hal ini dinaggap konspirasi kerana berdasarkan siasatan terbaru, perisik Israel sendiri menjadi dalang dalam tragedi ini)

Secara beransur-ansur, Arafat mula mengamalkan jalan politik dan diplomatik untuk mencapai matlamat PLO dan meninggalkan tindakan ganas. Sewaktu Perang Yom Kippur pada Oktober 1973, ketika Mesir dan Syria cuba mendapatkan kembali tanah yang dirampas oleh Israel, Amerika Syarikat mula campur tangan untuk menarik pihak yang bertelagah untuk berbincang mencari penyelesaian bagi hak milik kawasan tersebut. Majlis Kebangsaan Palestin atau Palestine National Council (PNC), badan pemerintah PLO, mencari huraian bagi masalah petempatan tersebut, sekali gus mengangkat pembentukan kedaulatan Palestin di Tebing Barat dan Gaza. Dengan sokongan daripada negara-negara Arab, pada November 1974, Arafat menjadi perwakilan pertama daripada agensi bukan kerajaan berucap dalam sidang pleno Perhimpunan Agung Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu (PBB)

"Saya datang mempertahankan dahan pokok zaitun dan senapang milik pejuang keamanan," antara kata-kata Arafat yang sangat popular. "Jangan sampai dahan tersebut terlepas daripada genggaman saya" Dengan tekanan daripada segolongan Palestin "tegar" hard-liners, Arafat berrpegang teguh pada penolakannya untuk mengiktiraf kewujudan Israel, dan seterusnya kerana itu beliau dianggap melanggar dua resolusi Majlis Keselamatan PBB. Pada tahun 1975, Amerika Syarikat menghentikan rundingannya dengan PLO.

Pada tahun 1977, Presiden Anwar Sadat dari Mesir memulakan ikhtiarnya sendiri dengan menganjurkan perjanjian perdamaiannya sendiri dengan Israel. Bersama Presiden Amerika Syarikat, Jimmy Carter dan Perdana Menteri Israel, Menachem Begin, Sadat menandatangani persefahaman Kem David pada tahun 1978, yang menjanjikan kuasa autonomi Palestin di Tebing Barat dan Semenanjung Gaza, tetapi tidak pernah dilaksanakan. Arafat dan Plo menentang persetujuan tersebut. Menganggap "autonomi" sebenarnya hanya menggalakkan perampasan oleh Israel, beliau berikutnya terus menjaja teori kebebasan dan kemerdekaan Palestin.

Pada awal 80-an, pengaruh Arafat merosot sementara kerana berlakunya perpecahan dalam pergerakan tersebut. Pada 1982, beliau dikritik teruk oleh Syiria dan puak berkiblatkan Syria dalam PLO kerana kelemahannya menangani pendudukan Israel di kawasan penuh konfllik di selatan Lebenon. Tentera Israel telah mengepung ibu pejabat PLO di Beirut dan memaksa arafat berpindah ke Tunisia. Ibu pejabat yang berpindah randah itu kemudiannya pada tahun 1987, berada di Baghdad, Iraq.

Apabila perpecahan dalam PLO berjaya dibaiki, Arafat kembali kepada usaha-usahanya untuk meningkatkan kerjasama dan persefahaman diplomatik. Pada 1985, Arafat dan raja Jordan, Raja Hussein meminta bantuan AS untuk mendapatkan persetujuan Israel tentang konfederasi antara entiti Jordan dan Palestin yang akan dibentuk di Tebing Barat dan Gaza. Malangnya, Raja Hussein menarik semula sokongannya dalam rancangan tersebut dan mendakwa PLO tidak mahu bertolak ansur dalam ha-hal tertentu termasuklah mematuhi resolusi Majlis Keselamatan PBB.

Pada 1989, Arafat dipilih sebagai presiden "negara impian" Palestin oleh Majlis Pusat PNC. Empat tahun kemudian, beliau membawa PLO kepada perjanjian keamanan di Oslo, Norway, bersama kerajaan Israel, yang diwakili oleh perdana menterinya waktu itu Yitzhak Rabin. Ketetapan Oslo atau Oslo Accord merencanakan pelaksanaan pemerintahan sendiri Palestin di Tebing Barat dan Semenanjung Gaza selama lima tahun. Menurut Deklarasi Utama atau Declaration of Principles, Israel harus mula berundur segera dari tempat-tempat yang didudukinya; dan sebagai imbalannya, PLO bersetuju untuk mematuhi resolusi PBB yang mengakui kewujudan Israel di samping menggalakkan keselamatan dan keamanan yang berpanjangan antara masyarakat Arab dan Yahudi di wilayah yang bergolak. Atas usaha-usaha besar ini, Arafat, Rabin, dan Shimon Peres (yang kemudiannya menjadi Menteri Luar Israel) dipilih secara bersama menerima Hadiah Nobel Keamanan 1994. Arafat kemudiannya dipilih menjadi presiden Pihak Berkuasa Palestin atau Palestinian Authority (PA) yang bertanggungjawab memerintah wilayah Palestin: Tebing Barat dan Semenanjung Gaza.

Selepas pembunuhan Rabin oleh ekstrimis Yahudi pada 1996, Arafat terus berunding tentang pemerintahan sendiri Palestin dengan pengganti Rabin, Benjamin Netanyahu. Zaman bersama Netanyahu amat buruk buat Arafat dan Israel, kerana Netanyahu sengaja melambat-lambatkan usaha Palestin ke arah pemerintahan sendiri dan juga untuk melaksanakan prinsip Ketetapan Oslo; dan oleh itu, menyebabkan PLO juga mengabaikan langkah-langkah tertentu untuk menjamin keamanan, yang antaranya termasuklah menentang keganasan, mengharamkan pemilikan haram senjata api, mencegah propaganda anti-Yahudi, dan mengurangkan anggota polis Palestin. Pada awal 1997, Arafat dan Netanyahu menandatangani perjanjian Hebron, yang bermaksud Israel akan mengundurkan terteranya dari Hebron, bandar terakhir yang didudukinya di Tebing Barat. Sebagai balasannya, Arafat berjanji melaksanakan segala ketetapan yang dibuat di Oslo.

Beberapa bulan selepas pengunduran Israel dari Hebron, pihak Palestin dikatakan masih tidak mengotakan janji-janjinya. Pada musim luruh 1998, selepas 19 bulan berdiam diri, Presiden AS Bill Clinton kembali campur tangan, mengaturkan sidang kemuncak di Wye Plantation di Maryland. Menurut memorandum Wye River, Israel bersetuju untuk berundur dari 13 peratus lagi kawasan yang didudukinya di Tebing barat dan Gaza. Anggota PLO akhirnya mengundi, pada Disember 1998, untuk membubarkan salah satu daripada cabang PLO yang bertujuan untuk memusnahkan Israel sebagai sebahagian daripada usaha daripada pihak mereka. Langkah ini dianggap cukup besar ertinya ke arah mencapai keamanan yang diimpikan.

Pada 4 Mei, 1999 (selepas 5 tahun Ketetapan Oslo), Arafat berada dalam keadaan yang sesuai untuk membentuk sebuah negara Palestin merdeka, dengan atau tanpa persetujuan Israel. Tetapi saat yang dinanti-nantikan tidak muncul jua. Beberapa minggu selepas itu, rakyat Israel mengundi menyingkirkan Netanyahu dan memilih muka baru, Ehud Barak. Barak, dianggap anak buah tokoh politik Israel yang disayangi: Rabin, menandingi Netanyahu, yang memusihi Arab, dan dipercayai dan diharapkan dapat melakar langkah positif ke arah perdamaian yang abadi.

Pada 5 September, 1999, Arafat dan Barak menandatangani perjanjian keamanan, disaksikan oleh Setiausaha Negara AS Madeline Albright. Perjanjian tersebut menetapkan penyerahan sepenuhnya kawasan yang diduduki Israel kepada Palestin sehingga hal-hal yang meliputi pemerintahan Palestin baharu menjelang 13 September 2000. Kejayaan peralihan kuasa/kawasan ini bergantung sepenuhnya kepada isu sempadan yang cukup sensitif, apatah lagi soal Juruselam atau Baitulmuqaddis yang direbutkan.

Beberapa bulan menjelang tarikh akhir, rundingan damai telah tertangguh, menjejaskan seluruh semangat ke arah penyelesaian konflik Arab-Israel. Sekali lagi, isu sempadan mendahi punca utama, status pelarian, yang paling sentimental, berkenaan status Juruselam/Baitulmuqaddis yang mendari kota suci Islam, Yahudi, dan juga Kristian. Tidak mahu Israel meminta lebih banyak lalu membawa lebih banyak masalah, Arafat segera menegaskan hak milik Palestin keseluruhnya ke atas seluruh Tebing Barat dan Gaza, termasuklah Baitulmuqaddis Timur yang didiami ramai etnik Arab dan juga kediaman kepada 175,000 orang pendatang Yahudi.

PLO asalnya mahu mengisytiharkan sebuah Palestin merdeka pada 13 September, walaupun tidak ada perjanjian damai dengan Israel yang menemui kejayaan. Pada sebelah pihak lain, Israel akan secara berterusan dan formal akan merampas beberapa bahagian Tebing Barat. Di bawah pemerhatian Presiden Clinton-dan seluruh dunia-episod rundingan damai di Kem David yang terhenti pada Julai 2000, meletakkan isu keamanan Asia Barat tergantung tanpa tali dan amat berbahaya jika didiamkan tanpa sebarang langkah susulan. Sama ada 13 September yang diimpikan akan muncul atau tidak atau pada tarikh lain), dengan rundingan yang sentiasa buntu, PLO akan terus menerima tekanan antarabangsa untuk meneruskan rundingan damai yang sukar ditemukan titik fokusnya.

Pengganti beliau kini harus memikirkan idea baru untuk memastikan impian Arafat, dan impian para penduduk Palestin, menjadi kenyataan.